阿尔金山自然保护区位于阿尔金山南部，东西长360千米，南北宽190千米，总面积为4.494万平方千米，平均海拔4500米，区内有完整的原始高原生态系统和珍贵稀有的野生动物植物群落，是世界上中低纬度多年冻土大面积分布地带。保护区四周群山环抱，峰峦叠嶂，6000米以上的冰峰有54座, 最高峰木孜塔格峰海拔6973米，高耸群峰之巅。
阿尔金山被誉为“天然动物园”和“高原有蹄类动物世界”，是中国最大的自然保护区。保护区是高原生态系统和自然景观的典型代表。阿尔金山自然保护区的主要景点有库木库里沙漠、依协克帕提湖、大九坦草原。
库木库里沙漠
库木库里沙漠海拔3900-4800米，面积2500平方千米，由高大的金字塔型沙山和新月型沙丘链组成。沙漠中掩藏着沙子湖、小沙子湖两个淡水湖，面积44平方千米，湖水由沙漠底部溢出，在沙漠北缘形成三个巨泉-沙子泉，沙子泉形如火山口，最大者上口直径达200米，出水口直径5米，三泉沙翻水涌，瞬即成河。
依协克帕提湖
由沙子泉泉水补给的依协克帕提湖，水草丰茂，面积18平方千米。湖中浮游生物十分丰富，引来大量棕头鸥、赤麻鸭、斑头雁等鸟类进行繁殖。春、夏季节，湖中草地上鸟巢密集，鸟蛋遍地，四周冰川融化，形成众多河流，最终注入三个湖泊：阿雅克库木库里湖、阿其克湖和鲸鱼湖。三个湖泊总面积1160平方千米。
大九坦草原
大九坦草原面积达1万平方千米，栖息着大量的藏羚羊、藏野驴、野牦牛、藏原羚等珍稀动物，这里野牦牛常常布满一面山坡，上百只藏野驴成群奔跑，藏羚羊三、五成群随处可见，因此也被喻为天然的有蹄类野生动物园，区内计有植物30科267种，动物335种，其中鸟类58种，兽类24种。发现石核、石叶等细石器遗存三处，古藏文石刻“喇嘛石”堆积五处。
盛夏的阿尔金山自然保护区，像一句诗，“妙手偶得之，文章本天成”不用天然雕饰，一切都是那么和谐与自然。