伊尔克什坦口岸原称为“斯姆哈纳口岸”，位于我国西陲第一村新疆乌恰县吉根乡斯姆哈纳村，地处东经73°58′，北纬39°42′，是我国最西部的一个口岸，是古丝绸之路上的一个重要通道和驿站。口岸距乌恰县城140公里，伊尔克什坦口岸于1997年7月21日临时开通过货，2001年7月1日该口岸通过了国家验收，2002年5月20日正式全面开通。据统计口岸总投资约4000万元。2011年该口岸迁至距离乌恰县城3公里的新址办公。
口岸新址建设面积3.5平方公里，实际投资约2.6亿元，主要启动口岸通关区、一部分物流仓储区和部分单位的生活办公区，建设项目有7500平方米的联检大厅和车辆查验通道、4800平方米报关报检综合楼、10公里燃气主管网、10公里主要干道、供排水管网20.6公里及防洪坝等市政基础设施。其中，海关综合办公楼、H986查验设备、运管局、派出所、国检局综合楼已经建成，水、电、路、暖气基础设施建设齐全，已经具备正常办公条件。根据《国务院关于支持喀什、霍尔果斯经济开发区建设的若干意见》及2011年公布的《喀什特殊经济开发区总体规划(2010-2030)》，将有10平方公里经济特区位于伊尔克什坦口岸下迁区，按照《意见》的产业布局要求，伊尔克什坦口岸重点发展进出口商品物流仓储集散中心、进出口产品加工区等口岸经济。